Pogosto so povzročitelji vnetja žrela, dihalnih poti ali celo pljuč virusi, na katere z antibiotiki ne moremo vplivati. Namenjeni so uničevanju bakterij in veliko jih je do zdaj že razvilo obrambne mehanizme proti antibiotikom.

Pri bakterijski okužbi je uporaba antibiotika primerna, nepravilna pa je, ko smo prehlajeni in gre za virusno okužbo. Ker pa še nismo ugotovili zanesljivih znakov, po katerih bi oboje ločili, se zdravniki pogosto odločijo za antibiotično zdravljenje. S tem se ustvarjajo pogoji za nastanek novih in razširjenih bakterijskih kolonij.

Pri zdravljenju vnetja grla je priporočljivo, da bolniki počakajo tri dni in antibiotika sploh ne vzamejo, če se stanje začne izboljševati. V raziskavi na Novi Zelandiji so ugotovili, da kar polovica bolnikov antibiotikov ne vzame, saj okužbo premagajo sami.

Tako se izognejo nastanku odpornih bakterij v njihovem organizmu, morebitnim alergičnim reakcijam na antibiotik in celo morebitnim škodljivim vplivom antibiotika na določen organ.